Fúzí korporací sloučením mohou být řešeny např. finanční potíže společností, kdy zpravidla prosperující společnost jako nástupnická převezme závazky i majetek zanikající a tato dále neprohlubuje svou případnou ztrátu. Fúze se uskutečňují také za účelem snížení provozních nákladů a zvýšení efektivity podnikatelských aktivit, optimalizace vlastnické struktury či z daňových důvodů. Celý proces fúze trvá několik měsíců a je potřeba věnovat pozornost různým problematickým bodům v rámci transakce.

Jedním z prvních kroků, ihned po obchodním rozhodnutí fúzovat společnosti, by mělo být zvážení všech nákladů na fúzi. Tyto se dají totiž snížit, a to vhodným nastavením vlastnických vztahů k podílům ve fúzujících společnostech. Jestliže je nástupnická společnost 100% vlastníkem podílu v zanikající společnosti, můžeme hovořit o fúzi zjednodušené. Zjednodušená fúze se nemusí schvalovat valnou hromadou každé ze společností, ale postačí pouze zpracování projektu fúze ve formě jednoho notářského zápisu, který je osvědčením o právním jednání. Největší přínosem zjednodušené fúze je tedy právě snížení nákladů, a to snížení poplatku za jeden notářský zápis, který se v případě vyššího vlastního kapitálu rovná desítkám tisíc.

Vzhledem k tomu, že rozhodnutí o přeměně společnosti je často učiněno v době, kdy jedna ze společností ekonomicky neprosperuje a přeměna by měla řešit finanční problémy společnosti, lze uvažovat i o různých formách daňových optimalizací dle zákona o dani z příjmu (§ 23c a násl. zák. č. 586/1992 Sb.). Proto je nutné záměr fúze oznámit ještě před jeho provedením příslušným správcům daně. Neoznámení záměru se považuje za nesplnění daňové povinnosti s příslušnými důsledky.

Při přeměně společnosti je klíčové stanovení rozhodného dne. Rozhodným dnem bude zpravidla 1. leden kalendářního roku, ve kterém dojde k fúzi, neboť je to z účetního hlediska pro společnost nejvýhodnější. Po stanovení rozhodného dne je třeba sestavit konečné účetní závěrky obou společností, resp. pokud by byl projekt fúze vyhotoven po uplynutí více než 6 měsíců od data sestavení konečné účetní závěrky, je třeba sestavit i mezitímní účetní závěrky.

V účetních dokladech je nutné se věnovat případné ztrátě, kterou by přebírala nástupnická společnost a mít na paměti § 5a zák. o přeměnách, kdy pokud by převzatá neuhrazená ztráta dosáhla i po uhrazení z volných prostředků nástupnické společnosti poloviny jejího základního kapitálu, musí společnosti nechat zpracovat znalecký posudek, který potvrdí, že v důsledku fúze nedojde k úpadku společnosti.

Samotný projekt fúze musí obsahovat náležitosti určené zákonem, př. údaje o společnostech, jejich postavení v procesu fúze, údaje o společnících a jejich vkladech, a zda byly splaceny, změny společenské smlouvy nástupnické společnosti, výměnný poměr a jeho odůvodnění, pokud se nejedná o zjednodušenou fúzi, případně vzdání se práva na doplatku, určení rozhodného dne, určení dne, od kterého společníkům vzniká právo na podíl na zisku, údaj o tom, k jakému dni bude sestavena zahajovací rozvaha a dále by měl počítat s případným znaleckým posudkem.

Z praktického hlediska lze doporučit konzultaci projektu fúze před jeho schválením s notářskou kanceláří, která bude zpracovávat notářský zápis o schválení fúze nebo o samotném projektu v případě zjednodušené fúze. Tyto konzultace nabývají na významu zejména v souvislosti s přímými zápisy do obchodních rejstříků.

Projekt musí být po zpracování elektronicky založen do sbírky listin a v obchodním věstníku je zároveň uveřejněno oznámení o jeho založení a upozornění věřitelům ve smyslu zákona o přeměnách, a to nejméně 30 dní před konáním schvalující valné hromady.

Po uložení do sbírky listin následuje řádné svolání valné hromady. V případě, že se jedná o společnosti s menším počtem společníků a všichni tito se budou účastnit valné hromady buď osobně či v zastoupení, lze administrativu spojenou se svoláváním valné hromady vypustit a přímo na valné hromadě se vzdát práva na její řádné a včasné svolání v souladu se zákonem a společenskou smlouvou.

Jestliže je projekt fúze schválen, pokud se nejedná o zjednodušenou fúzi, kdy se projekt nemusí schvalovat, lze podat návrh na obchodní rejstřík. Tento se podává na jednom formuláři k jednomu ze dvou příslušných rejstříkových soudů, i s příslušnými přílohami, kterými jsou mimo jiné i účetní výkazy, projekt, případný znalecký posudek, souhlas se zápisem nových společníků do rejstříku atp. Pozornost je třeba věnovat ustanovením zákona o veřejných rejstřících a zákona přeměnách právnických osob a v tomto smyslu správně vyplnit návrh na obchodní rejstřík. Soudní poplatek za zápis fúze činí 2.000,- Kč a rejstříkový soud jej zapíše bez zbytečného odkladu.

V ideálním případě notář, který bude sepisovat notářský zápis o fúzi, provede následně i přímý zápis fúze do obchodního rejstříku, přičemž poplatek přes notáře činí 1.000,- Kč. Přímým zápisem u notáře může být eliminováno riziko, že budou rejstříkovým soudem shledány nedostatky v návrhu na zápis fúze do obchodního rejstříku.

Vzhledem ke skutečnosti, že zápis fúze je konstitutivní, je fúze dokončena až zápisem do obchodního rejstříku.